El 18 de julio era sábado, la fiesta de Santa Marina (la víspera es la verbena de Las Guindas). Poco a poco comenzaron a llegar noticias de que algunas guarniciones del ejército s e habían sublevado. Las noticias que llegaban eran confusas, y se reciben con estupefacción. La toma del poder en los pueblos por los falangistas abre una nueva etapa. Debió ser sorprendente la transformación de Villarcayo en aquella segunda quincena de julio. La última primavera no había sido muy tranquila por los asaltos y escaramuzas de fascistas en la Villa. Pero continuaba siendo el centro neurálgico del comercio y una ciudad liberal. De repente todo cambió.
El 19 de julio los dirigentes republicanos de Villarcayo (el alcalde Ángel López, Angel Cuadrado y el concejal Julio López-Linares ) se dirigen a Burgos el 19 de julio a recibir instrucciones y recursos para organizar la resistencia en las Merindades, pero son detenidos al entrar en Burgos. El 20 de julio la villa esta en manos del Frente Popular, pero a la tarde se presenta la Guardia Civil de Medina
En Villarcayo no hubo guerra directamente, pero el “angel exterminador” fue igualmente 
fiero, se convirtió en un gran centro militar y de detención. Era el primer paso al frente y el primero de esa retaguardia beligerante. Por un lado allí se establecieron las tropas rebeldes y extranjeras, incluso se intaló un campo de aviación para los bombardeos de la Montaña. Por otro lado, allí se situaba un gran centro de detención, siendo el eje de la represión en la parte Norte de la comarca, se torturó, se vejó,… y sobre todo se asesinó.
Los primeros meses de la guerra civil están llenos de detenciones, paseos y sacas. Los detenidos eran encarcelados o afrontaban una inmediata ejecución. Las primeras semanas los asesinos no se molestaban ni enterrar a sus víctimas, situación llegó a ser tan escandalosa que se dictaron normas para tratar de disimular los crímenes y se ordenó que las ejecuciones se hicieran en lugares más alejados y que los cadáveres fueran debidamente enterrados. Se actuaba con nocturnidad, y se buscaba con alevosía que no fueran identificados los cadáveres.
Esos paseos y las sacas, van a ir acompañados con la presión absoluta sobre la población. Existe un terrorismo de bajo perfil efectuado, como los asesinatos, también por los falangistas que se manifestaba en rapar el pelo, pegar palizas públicas, aceite de ricino. Por las calles de la Villa también pasaron mujeres vejadas, rapadas, insultadas, también en busca de sus familiares desaparecidos, republicanos y sus hijos. Todo se volvió violento y gris. En nuestra tierra de la noche a la mañana se elimina físicamente a las gentes de la izquierda, y se siembre el terror. En fin, esta guerra va a cambiar la fisonomía de esta tierra. Si en 1936 hay cierta cohesión social, al finalizar la guerra va a haber dos clases: beneficiarios-represores y orpimidos-represaliados
Como hemos afirmado anteriormente no hay que ir más allá de la insurrección militar para entender la catástrofe. Si el grupo de conspiradores militares hubieran mantenido la fidelidad al juramento de lealtad a la República que pronunciaron, nunca hubiera empezado la guerra. El golpe de estado del 18 de julio de 1936 se transformó en guerra civil. La fractura del Ejército propició que el golpe no triunfase completamente desde el primer momento, lo contrario hubiera sido ejemplos como Chile o Argentina, donde la población civil no pudo hacer frente a los militares. Fue una guerra de vencedores y vencidos. La furia exterminadora de la coalición militar-agraria, asistida por la Iglesia, y la falange llevo a cabo una política de venganza y eliminación.
En la zona facciosa según se instalaba el Estado, la represión y la arbitrariedad crecieron, al contrario, en la zona republicana las matanzas ocurrieron como resultado del hundimiento del Estado. Pero no se trato de una violencia espontánea, se trato de un terror organizado. Se dejo hacer a rufianes, y la Iglesia no solo lo aprobó, sino que con gran regocijo aplaudía y prorrumpía en vivas, cuando no participaba de manera directa señalando el próximopaseado. La iglesia no llega a hacer gestos de reconciliación hasta 1971.
En su versión más cruda, como escenario de lucha, la provincia de Burgos apenas conoció los traumas de la guerra directa, salvo en el frente de los páramos y valles del Norte , lo cual no quiere decir que el drama bélico pasara desapercibido para el conjunto de los burgaleses, cotidianamente sacudidos por las levas de nuevos soldados, por las noticias de caídos en los diferentes frentes nacionales y, sobre todo, por el ambiente de terror que sembraron entre la población civil de la inmensa mayoría de nuestros pueblos, ciudades y villas los sectores más agresivos del bando franquista, cuyos programas de purgas, depuraciones y ejecuciones sumarias confirieron a la contienda unas connotaciones violentas de brutal intensidad.
La Guerra terminó y el territorio burgalés, incluida su capital –abandonada por los militares victoriosos una vez pudieron trasladarse a Madrid-, quedó sumido en un profundo olvido, curándose en la más triste soledad las heridas dejadas por la contienda fratricida, pero con la represión franquista sobre la población vencida.
Mientras se desarrolla la guerra se produce un cambio institucional. Toda la obra republicana va a ser borrada de un plumazo. Cualquier resquicio republicano va a ser eliminado, y la vida cotidiana se va a tornar cuartelaria. A la par se va a instaurar el integrismo católico en toda la vida pública, y entre otros lugares donde se va a implantar el nacional catolicismo va a ser la escuela.
No esperaron nada, el 31 de octubre de 1936 subastaron los bienes del local de Izquierda Republicana que estaba en la Plazuela Santa Marina nº 5. Se tasaron 46 objetos (piano, 11 mesas de café, aparato de radio, maquina de coser, radiogramola. El centro republicano Villarcayo era regentado por Silvestre Badillo.
La sustitución a dedo en el organismo municipal entra dentro de la colaboración militares-poderes públicos. El gobernador civil nombra a los nuevos concejales, cambiando la línea ideológica del ayuntamiento democrático. El ayuntamiento no escapa al proceso de militarización de la sociedad. Uno de los primeros pasos del nuevo estado es la depuración del Ayuntamiento. Comenzó una auténtica caza de brujas. Los cargos de responsabilidad fueron ocupados por personas adictas al régimen. El 31 de Julio desde el Gobierno Civil, y en concreto llega la orden de buscar concejales entre los de derechas (textuales) de las elecciones del 12 de abril de 1931. El 21 de julio a propuesta del Gobernador civil se nombra alcalde al Sr. Enrique Bienes Merchán, (ya había sido alcalde en 1916) Teniente alcalde a Juan Pereda Pereda, segundo a Francisco Martín Alonso, regidor a Eusebio Varona y síndico Juan Cuevas Serna. Queda constituido el ayuntamiento fascista. ¿Cual fue el destino del ayuntamiento democrático?
Además desde el primer momento hay una serie de cambios de nombres de calles. EL 8 de agosto, el concejal Pereda propone que a la calle Libertad se la llame Calvo Sotelo. A partir del 28 de agosto la calle 18 de septiembre de 1834 (la carlistada) se llamará Albiñana.
Pero no solo se da cobijo a los asesinos, si no que se les homenajea desde el primer minuto. Con fecha de 5 de noviembre el alcalde presenta una moción para felicitar a la actuación heroica del puesto de la Guardia Civil de Medina de Pomar el 20 de junio por la tarde, dicho día rojos de esta localidad se hicieron dueños del pueblo amenazando y requisando los domicilios al objeto de recoger armas y munición… sobre las 4 de la tarde de dicho día el puesto de la Guardia Civil de Medina compuesto por el brigada Félix Arce Güemes y 6 más se presentaron en la villa hicieron que parte de los revoltosos se echase al suelo y el resto huyesen en desbandada.
No será la única felictiación a este señor, el 1 de abril de 1941 se felicita al mando teniente Félix Arce que ha llevado a cabo la captura y desaparición de la «Banda de Bandoleros» (Maquis) que merodeaban la comarca a mano armada, cometiendo atracos y perturbando la tranquilidad y sosiego de los pueblos. En Ahedo de las Pueblas caerían muertos cinco guerrilleros de La Guerrilla Azaña o Los Carabeos incluido el jefe, Juan Gil del Amo., los otros cuatro serían fusilados en Burgos una semana después.
En septiembre de 1937 con la caída del frente norte llegan 500 prisioneros de guerra, que organizan en batallones de trabajadores. Por otro lado, los presos de Valdenoceda trabajan en la carretera a Horna y el Riachón. Huídos, escondidos, prisioneros, asesinados fue el destino de los republicanos de Villarcayo, los ojos de nuestros abuelos se llenaron de terror y en sus corazones habitó el miedo para siempre. La cacería humana en Las Merindades tuvo en Villaracayo un centro importante y muchos aún siguen callando.
En la posguerra la guerra no terminó nunca para los franquistas, los que vencieron excluyeron y persiguieron a quienes no se habían sumado de manera entusiasta a su bando. Se empeñaron en humillar a los vencidos durante cuarenta años. Desde alcaldía. Guardia Civil, la Falange y los párrocos de los pueblos se elaboraban informes sobre las personas de la localidad. La represión era la continuación de la guerra en otros frentes.
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Los que notuvieron su sitio en la cruz entrada Villarcayo y Merindad de Castilla la Vieja.
REPRESALIADOS DE VILLARCAYO Y MERINDAD DE CASTILLA LA VIEJA POR EL FRANQUISMO. LISTADO PROVISIONAL
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